Chế độ phân li chính giáo mặc dù đã trở thành nguyên tắc cơ bản của chủ nghĩa hợp hiến hiện đại, nhưng bởi vì nguyên nhân lịch sử và truyền thống tôn giáo, dù tại các nước phương Tây - nơi khởi nguyên chế độ, cũng hoàn toàn không có mô hình phổ biến, hơn nữa chế độ này cũng không phải là hoàn hảo.[3] Xu thế của xã hội hiện đại là phát triển theo chiều hướng tìm tòi sự thực khách quan, do đó khiến cho thế lực tông giáo và chính trị không can thiệp lẫn nhau, các quyết định chính trị không bị thế lực tôn giáo ảnh hưởng, và cũng khiến cho lĩnh vực khoa học phân li triệt để với nó, đối đãi sự vật khách quan bằng thái độ khách quan, hơn nữa vì mục đích đảm bảo hệ thống giáo dục khoa học không bị tôn giáo ảnh hưởng, tuyệt đại đa số các nước sẽ chọn lấy thuyết vô thần hoặc thái độ trung lập đối với tôn giáo. Phân li chính giáo có sự giúp đỡ ở mức độ nhất định đối với việc bảo vệ tự do tôn giáo, đảm bảo tôn giáo khác nhau có không gian tự do tôn giáo.